微生物有機肥中不僅含有植物必需的大量元素、微量元素，還含有豐富的有機養分，不僅能為農作物提供充足的營養，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性，是綠色食品生產的主要養分

微生物有機肥在農業生產中的作用主要表現在以下幾個方面：　

一、改良土壤、培肥地力有機肥料施入土壤后，有機質能有效地改善土壤理化狀況和生物特性，熟化土壤，增強土壤的保肥供肥能力和緩沖能力，為作物的生長創造良好的土壤條件。 　　

二、增加產量、提高品質有機肥料含有豐富的有機物和各種營養元素，為農作物提供營養。有機肥腐解后，為土壤微生物活動提供能量和養料，促進微生物活動，加速有機質分解，產生的活性物質等能促進作物的生長和提高農產品的品質。 　　

三、提高肥料的利用率有機肥含有養分多但相對含量低，釋放緩慢，而化肥單位養分含量高，成分少，釋放快。兩者合理配合施用，相互補充，有機質分解產生的有機酸還能促進土壤和化肥中礦質養分的溶解。有 機肥與化肥相互促進，有利于作物吸收，提高肥料的利用率。

能提高土壤肥力，改善土壤結構，減少毛細管水運動的速度和水分的無效蒸發

復合微生物肥料、生物有機肥內含的多種功能性微生物進入土壤后，在生長繁殖過程中產生大量的次生代謝產物，這些產物能夠促進土壤團粒結構的形成。團粒結構的形成使土壤變得疏松、綿軟，保水保肥性能增強，水、氣、熱更加協調，減少土壤板結，有利于保水、保肥、通氣和促進根系發展，為農作物提供舒適的生長環境。土壤理化性狀的改善，加強了土壤有益微生物的活動，從而限度促使有機物分解轉化，產生多種營養物質和刺激性物質，反過來又刺激微生物的生長發育，促進作物生長，最終達到增產增收的目的。另外，功能性微生物在作物根系周圍形成優勢種群，抑制或拮抗有害病原菌的生長繁殖，減輕了作物發生病害的程度，進而起到增加產量的目的。