藍莓的根系沒有根毛。正因如此，藍莓根系的吸收能力比具有根毛的根系小得多。其吸收面積只有同樣大小具有根毛的小麥根系的1/10。藍莓的根系細，呈纖維狀，細根在分枝前直徑為50～75um。

值得注意的是，幾乎所有藍莓的細根都有內生菌根真菌的寄生，從而克服藍莓根系由于沒 有根毛造成的對水分及養分的吸收困難。近年來，眾多的研究已證明，菌根真菌的寄生對藍莓生長是有益的。

矮叢藍莓根系的主要部分是根狀莖。據估計，矮叢藍莓大約85%的莖組織為根狀莖。不定芽在根狀莖上萌發，并形成枝條。根狀莖一般為單軸形式，直徑3～6mm。根狀莖分枝頻繁，在地表下6～25mm深的土層內形成緊密(穿插)的網狀結構。新發生的根狀莖一般為粉紅色，而老根狀莖為暗棕色并且木栓化。矮叢藍莓的根系分布在上層中的有機質層。